Fundado en 1994 para aliviar el hacinamiento carcelario en la ciudad, el MDC de Brooklyn alberga a hombres y mujeres que aguardan juicio o sentencia en tribunales federales. Tras el cierre del penal federal de Manhattan en 2021, luego del suicidio del financista Jeffrey Epstein en 2019, el complejo de Brooklyn quedó como la única prisión federal operativa en Nueva York. Su cercanía con las cortes del distrito sur y con la fiscalía explica por qué concentra detenidos de causas emblemáticas y con fuerte exposición mediática.

Otro detenido de altísimo perfil fue El penal también alojó a Juan Orlando Hernández, ex presidente de Honduras, detenido y juzgado en Estados Unidos por cargos vinculados al narcotráfico. Hernández permaneció más de tres años en el MDC mientras avanzaba su proceso judicial. Su detención y posterior condena marcaron un punto de inflexión en la relación entre Washington y líderes políticos de Centroamérica acusados de colaborar con redes criminales. En noviembre de 2025, el presidente Donald Trump En la misma línea, Genaro García Luna, ex secretario de Seguridad Pública de México y una de las figuras más poderosas del combate al narcotráfico durante el gobierno de Felipe Calderón, estuvo recluido allí mientras enfrentaba acusaciones por vínculos con el Cártel de Sinaloa. El juicio, seguido de cerca en México y Estados Unidos, reveló la profundidad de las relaciones entre estructuras estatales y organizaciones criminales.