Entre 1859 y 1861, continuó su formación en Europa. De regreso a su país, se abocó a estudiar la propagación del cólera y la viruela. Cuando dio a conocer que el cólera se transmitía por la Zanja Real del Cerro -el primer acueducto que suministró agua potable a la capital cubana- que pasaba por el barrio donde vivía, le prohibieron publicarlo. Eran tiempos de guerra y no era conveniente alarmar a la población, y además dejaba mal paradas a las autoridades españolas que, hasta entonces, no sabían qué hacer para contrarrestarla. Recién se daría a conocer en 1873, cuando la epidemia ya había pasado.

En octubre de 1865 se casó con Adela Shine, una chica inglesa, y tuvieron tres hijos, Charles, George y Frank.

Comisiones científicas enviadas a Cuba en los últimos años del siglo no tomaron en cuenta sus conclusiones. Lo apodaban “el hombre del mosquito”. Solo le prestaron atención los religiosos de la Compañía de Jesús, ya que con ellos aplicaba exitosamente muchos de sus métodos. El médico usaba los estudios meteorológicos elaborados por los religiosos de esta orden, muchos españoles, a los que consideraba muy exactos. Mientras tanto, insistía en la destrucción de las larvas de mosquitos y pedía la implementación de medidas de profilaxis. Pero no había caso; no tenía amistades influyentes y la cerrazón de sus colegas le impedía ser escuchado.

En 1898 Estados Unidos y España se enfrentaron por Cuba. Leonard Wood, el gobernador militar de la isla, que además era médico, estaba más preocupado por el alto número de soldados muertos por la fiebre amarilla -200 por día- que por los que caían en combate. Le solicitó a su gobierno que enviase una comisión para que resolviese la trágica encrucijada en la que se encontraba.

Lazear, el médico James Carroll y el soldado William Dean se dejaron picar por mosquitos obtenidos de huevos provistos por Finlay, y que habían ingerido sangre de enfermos de fiebre amarilla dos semanas antes. Se enfermaron voluntariamente.

Hubo que esperar al año siguiente con la exitosa campaña del médico militar norteamericano William Gorgas, acorralado por las críticas de los cubanos, que lo acusaban de que cada vez había más enfermos por fiebre amarilla y que no hacía nada. Entonces aplicó los consejos de Finlay, y con el lanzamiento de la campaña “Guerra a muerte al mosquito”, comenzó la erradicación de la enfermedad.

Cuando Cuba declaró su independencia en 1902, Finlay fue nombrado Jefe Superior de Sanidad. Tuvo su prueba de fuego en 1905, cuando en tres meses eliminó la epidemia de fiebre amarilla que se había desatado. Y ya nadie pudo quitarle los méritos. Al punto tal, que los norteamericanos aplicaron su método para sanear el Canal de Panamá.

Lo cierto es que Finlay terminó con una larga historia de 250 años de este flagelo en Cuba. Se retiró de la actividad a los 76 años, cuando ya estaba mal de salud y había tenido ataques de parálisis facial. Falleció en La Habana el 20 de agosto de 1915, a los 82 años. Hoy existe la orden al mérito “Carlos J. Finlay” a los que presten servicios relevantes a la ciencia. Tomando la fecha de su nacimiento, el 3 de diciembre, se instauró el Día del Médico. Y el laboratorio en el que en 1881 brindó sus conclusiones que nadie atendió se convirtió en un museo que lleva su nombre.