Fue fundada por italianos provenientes de Trento, alemanes y franceses en 1890, y se la considera cuna del cooperativismo agrícola de la Argentina. En 1890 comenzaron a llegar a la colonia Margarita Belén, zona cercana a Resistencia, los primeros pobladores.

Casi todos ellos eran trentinos y procedían de Tandil, provincia de Buenos Aires. La radicación de esos pioneros y luego de otras personas, se debió a la propaganda llevada a cabo por el Dr. Félix Amadeo Benítez, quien obtuviera la concesión de más de 65 mil hectáreas, tierra que hoy comprende las poblaciones de Colonia Benítez y Margarita Belén, y sus respectivas colonias.

Las gestiones de esa concesión se llevaron a cabo, primero por el ingeniero T.B. Coulland y luego por la Sociedad Colonizadora Popular. Esta sociedad estaba integrada por varias personas, entre ellas por el citado Dr. Benítez y también por su hermano, de nombre Manuel. Al producirse la quiebra de la sociedad, el Dr. Benítez asumió la responsabilidad de la concesión y es a él a quien el gobierno nacional se la otorgó. De esta concesión surgen las fundaciones de Colonia Benítez y Margarita Belén.

Los colonos fueron afincándose en los distintos lotes de esta colonia, cuya denominación se debe, según lo expresado por el libro de Jenefes y Laclau a los nombres de dos hijas del Dr. Benítez: Margarita y Belén.

En Margarita Belén tuvo lugar, en 1976, la llamada masacre de Margarita Belén, en que fuerzas del Ejército Argentino y la Policía del Chaco fusilaron a 22 presos políticos.